این بخش از سال1395 با سه تخت، فعالیت خود را آغاز نموده که در سال 1399 در راستای نیل به ضوابط مرکز جامع تیپ سه سرطان بخش جدید پیوند سلولهای بنیادی، با  شش تخت بستری با کلیه امکانات و تیم تخصصی و فوق تخصصی راه اندازی گردید و در حال حاضر پیوند اتولوگ در این بخش برای بیماران با تشخیص میلوم مولتیپل و لنفوم انجام می گردد لازم به ذكر است كه در طراحي اين بخش كليه استانداردهاي انجام پيوند اتولوگ و آلوژن پيش بيني شده است . كليه اتاق های بستري بيماران داراي سيستم ایزوله مجزا با فشار هواي مثبت است كه از طریق حفظ و برقراری یک جریان هوا به بیرون اتاق باعث محافظت بیماران از آلودگی ها و پاتوژن هایی که ممکن است به طرق مختلف وارد شوند، می گردد و فضاهاي عمومي و پشتيباني بخش نيز داراي فشار هواي منفي است .تا خرداد ماه 1399تعداد 97 پیوند اتولوگ در بخش قدیمی با دو تخت و امکانات محدود انجام و پس از افتتاح ساختمان جدید در خرداد 1399 تعداد80 پیوند موفق و بدون مورتالیتی در شرایط پاندمی کووید 19 انجام شده است همچنین پیوند Tandemنیز در خرداد ماه جاری برای اولین بار در استان اصفهان با موفقیت انجام گردید.لازم به ذکر است این مرکز با انجام 174 پیوند موفق اتولوگ در حال پیش بینی تمهیدات لازم جهت انجام پیوند آلوژن می باشد و پروتکل های اختصاصی توسط تیم پیوند داخلی مرکز تدوین و آماده شده است.